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攻拔取棘阳，与王莽前队大夫甄阜、属正梁丘赐战于小长安，汉军大败，退守棘阳。
更始元年(23)正月初一，汉军又与甄阜、梁丘赐战于氵比水西，大破之，杀掉了甄阜、梁丘赐。伯升在氵育阳又打败王莽纳言将军严尤、秩宗将军陈茂，进而围攻宛城。
二月初一，拥立刘玄为天子，刘玄任命伯升为大司徒，光武为太常偏将军。
三月，光武另与诸将攻打昆阳、定陵、郾，都攻下了。得牛马财物很多，谷数十万斛，转运供给宛城下部队。王莽得知甄阜、梁丘赐被杀，汉帝已立，十分恐惧，于是派大司徒王寻、大司空王邑领兵百万，其中披甲将士四十二万。
五月，到达颍川，又与严尤、陈茂部队汇合。起初，光武曾为舂陵侯佃户欠租投诉于严尤，严尤见光武奇相而惊异。
到这时，城中投降严尤的人说光武不要财物，只收集兵马出谋定策。严尤笑着说“：就是那个须眉浓美的汉子吗？他怎么竟干这种事呢！”初始，王莽征集天下能懂兵法的六十三家共数百人，并任为军吏；挑选训练警卫，招募猛士，旌旗辎重，千里不绝。当时有个巨人叫巨无霸，身高一丈，腰粗十围，被任命为军垒尉官；驱使猛兽虎豹犀象，以助军威。出师的盛况，为秦汉以来所没有过的。光武统兵数千，在阳关拦截王莽军。诸将见王寻、王邑军队强大，掉头逃跑，奔回昆阳，都很害怕，担心妻室儿女，想分散返回各自的城邑。光武提议说：“现在我们兵力和粮草都少，而外寇强大，合力抵抗，功绩或许可以建立；如果分散开来，势必都不能保全。而且宛城没有攻下，那边的部队不能救助我们，昆阳一旦攻破，一天之内，我们所有各部都将被消灭掉。现在我们不同心合力共举功名，反而想守住妻子儿女和财物吗？”诸将领愤怒地说“：刘将军何以竟然说这种话！”光武含笑起立。这时恰好了望敌人的骑兵回来，说大量的敌人将到城北，军马队列数百里，看不到队尾。诸将连忙相互说道“：还是请刘将军出主意对付。”光武又为大家谋划成败策略。诸将领忧愁窘迫，都说：“就照这样办！”这时，城中只有八九千人，光武便叫成国上公王凤、廷尉大将军王常守城，自己与骠骑大将军宗佻、五威将军李轶等十三人骑马夜出城南门，在外面组织兵力。
这时王莽军队已有近十万到了城下，光武差点儿走不出城。到了郾、定陵，将各兵营军队悉数调发，而诸将贪惜财货想分兵留守。光武说“：现在假如打败了敌人，珍宝万倍，大功可成；假如被敌人打败，我们的头颅也保不住，哪还有什么财物呢？”大家才依从了光武的意见。严尤劝王邑说：“昆阳城小而坚固，现僭称帝王的刘玄在宛城，我们快速派遣大军攻击，他们必定逃跑；宛城兵败，昆阳自然归服。”王邑说“：过去我以虎牙将军身份围攻翟义，因不曾活捉他而受到责备。
现在率百万大军，碰上城池不能拿下来，怎么说得过去呢？”于是将昆阳包围几十重，扎营数百个，立起云车，高十余丈，俯视城中，旗帜遍野，尘埃满天，金鼓之声闻数百里。有的部队挖掘地道，有的部队用木童车楼车攻城。弓弩乱发，箭下如雨，城中人背着门板才能打水。王凤等求降，未得允许。王寻王邑自以为成功在顷刻之间，意气闲逸自得，夜有流星坠落兵营，白天有云团，如崩塌的山般当营陨落，离地不到一尺才散，军吏士卒都趴伏在地上。
六月初一，光武便与军队一同前进，自率骑兵步兵千余，在王莽大军前四五里布阵，王寻、王邑也发兵数千交战。光武冲杀敌军，斩首数十。众部下高兴地说“：刘将军平生见小敌胆怯，今见大敌勇敢，很是奇怪，而且又到前面去了。我们应协助刘将军！”光武向敌人冲去，王邑、王寻部队退却，部众乘胜进击，斩敌成百上千。连连得胜，于是向前推进。这时，伯升已攻克宛城三日，而光武还不知道，便派人假装成宛城下部队使者，带书报告城中，说“宛城下援军开到”却假意不小心将书信遗失。王寻、王邑得信，心中不快。诸将已经几次告捷，胆气更壮，无不以一当百。光武便与敢死队三千人，从城西水上冲敌中坚，王寻、王邑军阵紊乱，光武乘锐气摧垮敌阵，杀了王寻。昆阳城中也击鼓呐喊冲杀而出，内外合击，声震天地，莽军大败，奔逃的兵士互相践踏，死伤者遍布百余里。天空恰巧大雷狂风，屋瓦都刮飞了。大雨倾盆，氵蚩川河水暴涨，虎豹都吓得四腿直抖，士卒争先渡河，溺死的以万数，河水为之不流，王邑、严尤、陈茂轻装骑马，踏着死人渡河逃走，光武尽得莽军粮草器械，战车、盔甲、珍宝不计其数，几个月运不完，只好将剩下的烧掉了事。光武乘势又攻下颍阳。适逢伯升被更始所害，光武从父城奔往宛城谢过。司徒官属迎接慰问光武，光武难以与他们背地里交谈，深为引过而已。不曾以伐昆阳居功，又不敢为伯升服丧，饮食言笑如平常一样。更始因此内心惭愧，拜光武为破虏大将军，封武信侯。
九月初三，三辅豪杰合力杀了王莽，并将他头颅送到宛城。更始打算北上，建都洛阳，便让光武代理司隶校尉，要他前往整理修缮宫殿官府。光武于是设置下属官吏，起草公文，以从事史察举非法，一切照汉代旧有制度办事。这时三辅官员东迎更始，见诸将走过，都戴平民头巾，穿女人衣服，大掖衣加上绣花的半臂衣，没有不笑话他们的。有的还因为他们所服“不祥”而畏惧患祸逃开。及至见到光武的僚属，都不胜欣喜。年老的官员有的掉泪说：“想不到今天又见到了汉家官员威严的仪表啊！”从此有见识的人都归心于光武了。及至更始到了洛阳，便任光武为破虏将军代行大司马的职务。
十月，光武拿着符节渡黄河北上，安定抚慰州郡官民。所到郡县，就会见郡守、长吏、三老、官属，下至佐史，考察升降事宜，好像州牧巡视郡国办事一样。平反错案，遣放囚犯，除掉王莽时的苛政，恢复汉室官名，官民喜悦，争以牛酒迎接慰劳。进至邯郸，已故赵缪王子刘林向光武献策说：“赤眉军现在河东，只要决开黄河淹灌他们，赤眉百万军队可成为鱼。”光武不答，而去真定。刘林就伪称占卜的王郎是成帝的儿子刘子舆，十二月，立王郎为天子，定都邯郸，并派遣使者招降下属郡国。
更始二年(24)正月，光武因为王郎新起势盛，便北上巡视蓟地。王郎发布檄文，许诺捕杀到光武的封以十万户的爵位。而已故广阳王刘嘉的儿子刘接，起兵蓟中以策应王郎，蓟城城内扰乱，人民相继惊恐起来，并传说邯郸派来的使者刚到，二千石以下的官员都出去欢迎。于是光武急忙驾车南奔，，早晨夜晚都不敢进城，就在道旁食宿。到达饶阳，官属都没有吃的了。光武就自称是邯郸派来的使者，进入客栈。客栈的小吏正在用餐，光武随从饥饿得很，便抢饭吃。客栈的小吏怀疑光武是假冒，便击鼓数十通，谎称邯郸将军到，官属都吓得变了脸色。光武上车想要奔逃，但转念怕跑不了，便从容坐到原位，说：“请邯郸将军进来！”许久，才驾车离去。客栈的人远远地叫守门者不放行。守门的官长说“：天下大局岂可预知？能阻拦长者吗？”光武才得南行。日夜兼程，蒙霜冒雪，时正天寒，脸面都冻裂了。到了呼沱河，没有船，恰值河面封冻，得踏冰而过，队伍未过完，几辆车竟陷入水里。到达下博城西，。。徨困惑，不知往哪里走为好。有白衣老头在道旁说：赶快走，信都郡的人还在为长安政权坚守着，那儿离这里八十里。”光武马上赶去，太守任光开门迎接。光武便征发周围各县兵马，共得四千人，首先攻打堂阳、贳县，两地都投降了光武。王莽和成卒正邳彤也领全郡投降。又有昌城人刘植、宋子人耿纯带领宗亲子弟，占领各自所在县城，奉献给光武，于是往北攻下曲阳，部众渐渐地集聚起来，乐意依附光武的达到数万人。光武又北击中山，克卢奴，所到之处，征发“奔命兵”发送檄文到边境各部，要他们一同攻打邯郸，各郡县回书响应。南向攻克新市、真定、元氏、防子，于是进入赵地境界。这时王郎大将李育驻兵柏人，汉军不知道，向前推进，前军偏将朱浮、邓禹被李育打败，丢失辎重。光武在后面闻悉，收集朱浮、邓禹所散失的兵卒，与李育战于柏人城门，大败李育军，全部夺回李育从朱浮、邓禹部队抢获的辎重。李育退回保守城池，光武攻城不下，于是引兵占领广阿。正好上谷太守耿况、渔阳太守彭宠，各派自己的将领吴汉、寇恂等率领突骑帮助攻打王郎，更始也派尚书仆射谢躬讨伐王郎，光武乘机大设酒宴慰劳将士，东进包围巨鹿。王郎守将王饶坚守，一个多月没攻下。王郎派将领倪宏、刘奉领数万人援救巨鹿，光武迎战于南栾，杀数千人。
四月，光武进军围攻邯郸，连战连捷。
五月初一，攻克邯郸，杀王郎。在缴获的文书中，光武发现部下官员和王郎勾结来往毁谤自己的书信有几千份。光武不看，召集将军们当面一把火烧掉，说：“让那些睡不着觉的人安下心来吧！”更始派侍御史拿着符节封光武为萧王，教他完全停止军事行动到更始所在的地方去。光武托辞黄河以北还没有平定，不接受征召。从此，他和更始就不是一条心了。这时长安政治混乱，到处反叛更始。梁王刘永在睢阳专权，公孙述在巴蜀称王，李宪自立为淮南王，秦丰自号楚黎王，张步起兵琅笽，董宪起兵东海，延岑起兵汉中，田戎起兵夷陵，都设置将帅，攻打掠取各郡县。又有各种名号的队伍如铜马、大肜、高湖、重连、铁胫、大抢、尤来、上江、青犊、五校、檀乡、五幡、五楼、富平、获索等，各自统领部下，总数合计有数百万人，到处抢掠。光武打算进行扫荡，派吴汉首先征调北方十郡兵马。幽州牧苗曾不服从，吴汉就杀了苗曾，征调他的部下。秋天，光武攻击铜马于枭阝，吴汉率突骑与光武会合于清阳。铜马军屡屡挑战，光武加固营垒自守；铜马军有出去掳掠的，就把他们收拾，断绝他们的粮道。
一个多月后，铜马军粮食吃完，只得夜里逃去，光武追到馆陶，把他们打得大败。受降还没有完，高湖、重连两支部队从东南方来，与铜马残部会合，光武又与他们大战于蒲阳，把他们全部打败迫降，封投降的头目为列侯。投降的部队头领还不放心，光武理解他们的心理，便命令他们归营统率约束部队。自己轻骑简从到各部巡视。投降的相互议论说“：萧王这样推心置腹待人，我们能不以死相报吗？”于是都真心归附。光武将全部投降的兵力分配给诸将领，扩大到数十万军队。所以关西人称光武为“铜马帝”赤眉军别部将领与大肜、青犊军十多万人盘踞射犬，光武进攻，大败敌军，部众都逃散了。光武又派吴汉、岑彭偷袭邺城，杀了谢躬。青犊、赤眉军进入函谷关，进攻更始。光武便派邓禹率六裨将发兵向西，以便趁更始和赤眉纷乱之机获益。这时更始派大司马朱鲔、舞阴王李轶等驻守洛阳，光武也派冯异驻守孟津相抗拒。
建武元年(25)春正月，平陵人方望立前汉孺子刘婴为天子，更始派丞相李松击之，把刘婴杀了。光武向北击尤来、大抢、五幡于元氏，追至右北平，连连告捷。又战于顺水北，乘胜轻易进军，反为所败。贼兵追得紧，短兵相接，光武跳到高岸上，碰着突骑王丰，王丰下马将马让给光武，光武按着王丰的肩膀上马，回头笑对耿。。说：“差点儿让强盗们讥笑了！”耿。。连连射击把敌人打退，才免除遭难。士卒死了数千人，余部退守范阳。部队见不到光武，有人说光武已死，诸将领不知该怎么办。吴汉说：“各位要勉力干，萧王哥哥的儿子在南阳，何必担忧无主呢！”大家惶恐害怕，好几天才安定。贼虽打了胜仗，而素来惧怕光武声威，彼此形势不了解，夜里就带兵走了。光武又进军到安次，与敌交战，打败敌军，斩三千余人。敌军退入渔阳，光武便派吴汉统领耿。。、陈俊、马武等十二将军追击于潞城之东，追至平谷，消灭了尤来等部。朱鲔派讨难将军苏茂攻温城，冯异、寇恂迎战，大败苏茂军，杀了苏茂的大将贾强。这时众将领议论拥光武为帝。马武首先进言说：“天下无主，如果有圣人趁衰败的局面兴起，即使孔子为相，孙武为将，还要担心不能有所补益。泼出了的水是收不回的，机会失去，后悔无及。大王虽执意谦让，怎么对得起汉家的祖宗和天下呢？应当暂时回到蓟城登皇帝位，然后才议定征伐的事宜。现在谁是贼人，我们驰骋战斗去攻击他呢？”光武惊异地说“：将军怎么说这样的话？该杀头的呀！”马武说“：所有的将领都是这种看法呢！”光武使马武晓谕其他各将领，便率领部队回蓟城。
夏四月，公孙述自称天子。光武从蓟城返回，过范阳，派人收殓埋葬阵亡将士。到达中山，诸将又奏请光武说“：汉室遭王莽篡位，统治中断，豪杰愤怒，亿万百姓遭到践踏。大王与伯升首先起义，更始却凭宗室资格占据帝位，而不能继承大业，纲纪败坏，盗贼日益增多，老百姓遭殃。大王初战昆阳，王莽溃败；后克邯郸，北方州郡得以平定；三分天下有其二，跨州据土，甲兵百万，论武力没有谁敢抗拒您，讲文德则更没有话说。臣等听说帝位不可以久久空着，天命不能谦让拒绝，希望大王为国家着想，为天下百姓着想。”光武又没有听从。进军到南平棘，诸将领又坚决请光武称帝，光武说：“寇贼没有剿灭，四面受敌，何必匆匆称帝呢？将军们请出去吧！”耿纯却进一步说“：天下士大夫抛弃亲属背井离乡，跟着大王冲杀在刀箭之间，他们的打算本来就是希望攀龙附凤，来实现自己的志向罢了。现在功业即将告成，天象人事相应，而大王拖延时间，违背众人心意，不登帝位，我担心士大夫们绝望，打算落空，就产生离去的思想，认为不必久留而自讨苦吃，大众一散，很难再聚。时机不可延误，群众的意愿不可违背啊！”耿纯的话十分恳切，光武深为感动，便说：“我将考虑考虑。”行军到。。县，光武以前在长安学习时同住一室的强华从关中拿来赤伏符，其中说：“刘秀发兵收拾无道的人，四方各族云集，像群龙搏斗于野，(高祖以来)二百二十八年之际，火德为主。”群臣乘机又进言说：“接受天命符瑞，以应顺人事为大，现在万里以外的符命，与事物正相切合，不约而同，即便是周武王的白鱼之应，又怎能和这相比呢？现在上面没有皇帝，海内混乱，符瑞的应验，明明白白，应回报天上神明，以满足大家的愿望。”光武于是命令官吏在镐城南面千秋亭五成陌，设建祭天的坛场。
六月二十二，光武登皇帝位。烧柴祭天，祀水火雷风山泽六宗，望祭山林川谷诸神。祝文说“：皇天上帝，后土神祗，关怀人间，降卜符命，把平民百姓托付刘秀，为民父母，我刘秀实不敢当。而部属百官，不约而同，都说：‘王莽篡夺帝位，刘秀发愤起兵，破王寻、王邑于昆阳；诛王郎、铜马于河北，平定天下，海内蒙恩。上符天地之心，下为百姓归心拥戴。”谶记说‘：刘秀发兵捉拿无道的人，卯金修德刘氏为天子。’我还是坚决推辞，一辞再辞，以至三次推辞。部属都说：‘皇天的大命，不可稽延。’刘秀怎么敢不敬奉天命。”于是立年号为建武，大赦天下，改高阝县为高邑。同月，赤眉立刘盆子为天子。
二十七日，前将军邓禹在安邑进攻更始定国公王匡，大破王匡军，杀掉他的将领刘均。秋七月初五，拜前将军邓禹为大司徒。
十一日，任命野王令王梁为大司空。
十六日，任命大将军吴汉为大司马，偏将军景丹为骠骑大将军，大将军耿。。为建威大将军，偏将军盖延为虎牙大将军，偏将军朱佑为建义大将军，中坚将军杜茂为大将军。这时，皇室亲族刘茂自称“厌新将军”率部投降，封为中山王。
八月初三，光武到怀县，派耿。。率强弩将军陈俊驻扎五社津，戒备荥阳以东。派吴汉率朱佑及廷尉岑彭、执金吾贾复、扬化将军坚镡等十一将军在洛阳围攻朱鲔。
八月十六，祭社稷。
八月十七，在怀宫祭祀高祖、太宗、世宗。光武行进到河阳，更始廪丘王田立投降。
九月，赤眉军入长安，更始逃奔高陵。初六，光武下诏令说：“更始破败，放弃城池逃跑，妻室儿女赤身露体，流散道路，我很怜悯他们。现封更始为淮阴王，官吏平民有敢杀害他的，以大逆罪论处。”十九日，任平帝时高密令卓茂为太傅。
二十六日，朱鲔率洛阳全城人马投降。冬十月十八日，光武进入洛阳，临幸南宫却非殿，于是定都洛阳。派岑彭打击荆州群贼。
十一月三十日，光武到怀县。刘永自称天子。
十二月丙戌，光武从怀县回洛阳。赤眉军杀更始。隗嚣占据陇右，卢芳在安定起兵，破虏大将军叔寿在曲梁进攻五校贼，叔寿战死。
二年(26)春正月初一，日蚀。大司马吴汉率九位将军在邺东进攻檀乡寇贼，大败檀乡贼军，迫使他们投降。十七日，把功臣都分封为列侯，大的封国四县，其余多少不一。诏令说：“人的欲望满足以后，最怕的是放荡不羁，只求一时的快乐，忘却慎于刑罚的道理。想到各位将军功业远大，的确想代代相传，应当像站临深潭边、在薄冰上行走一样，战战兢兢，一天比一天更谨慎。有些有显著功绩，没有得到报酬，名未扬、官未封的人，大鸿胪赶快报上，我将分别录用。”博士丁恭提议说“：古代帝王封诸侯地不过百里，以‘利建侯’、‘雷震百里’为准则，中央强大，地方弱小，这是用来治理国家的方法。现在封诸侯大到四县，不合法制。”光武帝说：“古代国家的灭亡，都是由于国君无道，没有听说过功臣封地大而遭灭亡的。”于是派谒者马上授予列侯印绶，策书上说：“在上面不骄傲，虽高也不危险；节制谨守法度，虽满也不漫出。敬肃戒慎，传给你们子孙后代，永远做汉家的藩属。”十九日，更始复汉将军邓晔、辅汉将军于匡投降，都恢复了他们原来的爵位。壬子，修高帝庙堂，建社稷坛于洛阳，立郊兆坛于城南，开始明确汉主火德，崇尚赤色。同月，赤眉烧长安宫室，挖掘帝王园陵，寇掠关中。大司徒邓禹进长安，派府掾捧着十一帝的神主，供于高庙。真定王刘扬、临邑侯刘让谋反，光武派前将军耿纯把他们杀掉。
二月十六日，光武到修武。大司空王梁免职。十九日，任太中大夫宋弘为大司空。派骠骑大将军景丹率征虏将军祭遵等二将军攻打弘农寇贼，把他们打败，趁势又派祭遵围攻蛮中寇贼张满。渔阳太守彭宠反叛，在蓟城攻打幽州牧朱浮。
延岑在汉中自称武安王。辛卯，光武自修武回洛阳。三月乙未，大赦天下，诏令说“：近来狱中多有冤屈的人，用刑残酷，我很哀怜他们。孔子说：‘刑罚不得当，老百姓就不知怎样才好。’应当和中二千石、诸大夫、博士、议郎共同讨论省免刑罚的事。”派执金吾贾复率二将军攻打更始郾王尹遵，打败他，迫他投降。骁骑将军刘植攻打密地寇贼，战死。派虎牙大将军盖延率四将军讨伐刘永。
夏四月，在睢阳围攻他。更始将苏茂杀淮阳太守潘蹇，依附刘永。四月初二，封叔父刘良为广阳王，兄子刘章为太原王，刘章弟刘兴为鲁王，舂陵侯嫡子刘祉为城阳王。
五月十九日，封更始元氏王歙为泗水王，故真定王刘杨子刘得为真定王，周朝后代姬常为周承休公。二十二日，诏令说：“老百姓有不得已出嫁的妻子、卖掉的儿女，想要回归丈夫、父母身旁的，都要听任他们的意愿，谁敢拘禁逮捕他们，依法论处。”六月初七，封贵人郭氏为皇后，子刘强为皇太子，大赦天下。增加郎官、谒者、从官俸禄各一等。十五日，封宗族子刘终为淄川王。
秋八月，光武帝亲自统兵讨伐五校，二十六日，帝到内黄，在戏阳大败五校军，使之投降。派游击将军邓隆援救朱浮，与彭宠战于潞城，邓隆军队吃了大败仗。盖延攻克睢阳，刘永逃奔谯城。破虏将军邓奉占据氵育阳反叛。
九月初二，光武帝从内黄回洛阳。骠骑大将军景丹去世。延岑在杜陵大败赤眉军。关中饥荒，发生了人吃人的现象。
冬十一月，任廷尉岑彭为征南大将军，率八将军在堵乡讨伐邓奉。铜马、青犊、尤来残部在上郡共立孙登为天子。孙登将领乐玄杀孙登，率领部众五万余人投降。派偏将军冯异代理邓禹讨伐赤眉。派太中大夫伏隆拿着符节安抚青、徐二州，招降了张步。十二月三十日，诏令说：“想到宗室列侯被王莽所废，先人神灵无所归宿，我非常哀怜他们，一并恢复他们的封国。若列侯本人已去世，由列侯子孙所属的郡县记录列侯子孙的现名上交尚书，封爵授官。”这年，盖延等在沛西大败刘永。以前，王莽末年，国家旱灾蝗灾，五斗粟要卖一斤黄金，到现在野生的谷子不播而长，麻、豆长得尤其茂盛，野蚕结茧，散布在山岗上，人们便去收取其利。
三年(27)春正月初六，任偏将军冯异为征西大将军，杜茂为骠骑大将军。大司徒邓禹及冯异与赤眉军在回溪交战，邓禹、冯异大败。征虏将军祭遵打败蛮中寇贼，杀张满。二十三日，立亡父南顿君上四庙。二十四日，大赦天下。
闰月初一，大司徒邓禹免职。冯异与赤眉军在崤底交战，将赤眉军打得大败，残部南逃宜阳，光武亲自领兵征伐。己亥，光武帝到宜阳。甲辰，帝亲统六军，大摆兵阵，大司马吴汉的精锐排列在前面，中军排列第二，骁骑、武卫分列左右。赤眉军望而生畏，派人求降。丙午，赤眉君臣反绑双手，奉献高祖刘邦传下的玺绶投降，诏令城门校尉办理受降事宜。戊申，光武从宜阳回洛阳。己酉，诏令说：“群盗横冲直闯，残害人民，刘盆子窃取皇帝尊号，惑乱天下。我领兵奋起讨伐，顷刻土崩瓦解，十多万部众束手降附，先帝玺绶归还王府。这都是靠祖宗的威灵，将士的力量，我怎能够格享此殊荣呢！应选择吉日祷告高庙，赏给天下应当继承父后的长子爵位，每人一级。”二月初一，祭祠高庙，光武接受传国玺。刘永妄封董宪为海西王，张步为齐王。张步杀光禄大夫伏隆反叛。光武帝到怀县，派吴汉率二将军在轵西进攻青犊，大败青犊军，使之降服。
三月十六日，任大司徒司直伏湛为大司徒。彭宠占领蓟城，并自立为燕王。光武亲自统兵征讨邓奉，到达堵阳。
夏四月，在小长安大败邓奉，并杀了他。冯异与延岑战于上林，把延岑打败。吴汉率领七将军与刘永将苏茂战于广乐，大败苏茂。虎牙大将军盖延在睢阳包围了刘永。
五月二十四日，光武帝回洛阳。三十日，晦，日蚀。
六月初七，大赦天下。耿。。与延岑在穰县交战，大败延岑。
秋七月，征南大将军岑彭率领三将军讨伐秦丰，战于黎丘，大败秦丰，活捉了他的将领蔡宏。二十六日，光武帝诏令说：“俸禄不满六百石的县令，下至县长，侯国之相有罪，都先请示再处治。男子八十以上，十岁以下，及妇女因亲属犯罪连坐的，只要不是犯有‘不道’罪，诏书点名逮捕的，都不得扣押。应当对证的马上对证，女子判刑，可让她出钱雇人伐木抵罪，放回家。”盖延攻克睢阳，捉了刘永，但苏茂、周建又立刘永子刘纡为梁王。
冬十月十九日，光武帝到舂陵。告祀园寝宗庙，在旧宅设置酒宴，款待众多故旧与父老乡亲。
十一月已末，自舂陵回洛阳。涿郡太守张丰反叛。这年，李宪自称天子。西州大将军隗嚣呈上奏书。建义大将军朱。。率领祭遵与延岑战于东阳，杀延岑将张成。
四年(28)春正月初二，大赦天下。二月初一，光武帝到怀县。二十一日，从怀县回洛阳。派右将军邓禹率领二将军与延岑战于武当，打败了延岑。
夏四月初七，光武帝到达邺城。十九日，行进到临平。派大司马吴汉在箕山攻击五校贼，贼大败。五月，光武帝行进到元氏，初二，又行进到卢奴。派征虏将军祭遵率领四将军在涿郡讨伐张丰，杀掉了张丰。
六月初二，光武帝返回洛阳。
七月十四日，光武帝至谯县。派捕虏将军马武、偏将军王霸在垂惠围攻刘纡。董宪将领贲休率兰陵城兵马投降光武，董宪围攻贲休。虎牙大将军盖延率领平狄将军庞萌援救贲休，没有成功，兰陵为董宪所攻陷。
秋八月初十，光武帝到寿春。太中大夫徐恽擅自杀临淮太守刘度，徐恽因此犯法被诛。派扬武将军马成率领三将军讨伐李宪。
九月，在舒县包围了李宪。
冬十月初七，光武帝回到洛阳。太傅卓茂去世。十一月十九日，光武帝到宛城，派建义大将军朱。。率领二将军在黎丘围攻秦丰。十二月二十日，光武帝到黎丘。这年，征西大将军冯异与公孙述将领程焉在陈仓战斗，打败程焉。
五年(29)春正月十七日，光武帝还洛阳。二月初一，大赦天下。捕虏将军马武、偏将军王霸攻克垂惠。二十日，光武帝到魏郡。二十七日，封殷商后代孔安为殷绍嘉公。彭宠被奴仆所杀，渔阳平定。大司马吴汉率领建威大将军耿。。在平原攻击富平、获索贼，大败贼军，迫使其投降。又派耿。。率领二将军讨伐张步。三月初八，调广阳王刘良为赵王，刘良始进入封国。平狄将军庞萌反叛，杀楚郡太守孙萌而东附董宪。派征南大将军岑彭率领二将军在津乡讨伐田戎，大败田戎。
夏四月，天旱，蝗灾。河西大将军窦融开始派人进贡。五月初二，光武帝下诏令说：“久旱，麦子受害，秋播没有下种，我十分担忧。莫非是残酷的官吏不称职，狱多冤案，老百姓愁苦怨恨，触怒了天神吗？现命令中都官、三辅、郡国放出在押囚犯，除了非处死不可者外一律免除查办，徒刑免为平民。务必进用温良的人，罢免贪婪残酷的人，各部门整顿好自己的职事。”六月，建义大将军朱。。攻克黎丘，活捉秦丰；庞萌、苏茂围攻桃城。这时，光武帝刚好到了蒙县，于是亲自领兵征伐庞萌、苏茂。先在任城整顿军队，然后救援桃城，大败庞萌等。
秋七月初四，光武帝到沛县，告祭高帝庙。诏令修复长安的帝王陵墓。行进到湖陵，征讨董宪，又到蕃县，在昌虑攻打董宪，获大胜。
八月初六，光武帝行进到郯县，留下吴汉攻打刘纡、董宪等。光武帝转而巡视彭城、下邳。吴汉攻下郯县，捉到刘纡；吴汉又进军在朐县围攻董宪、庞萌。冬十月，光武帝还洛阳途中，经过鲁地。派大司空祭祀孔子。耿。。等在临淄和张步战斗，大败张步。光武帝到临淄，行进到剧县。张步杀苏茂投降，齐地平定。开始设立太学。光武帝回到洛阳，巡视太学，分别赏赐博士弟子。
十一月初一，大司徒伏湛免职，任尚书令侯霸为大司徒。
十二月，卢芳在九原自称天子。西州大将军隗嚣派遣儿子隗恂入宫侍卫光武帝。交阝止牧邓让率领七郡太守派人进京进贡。诏令免除济阳县二年的徭役。这年，野生的谷物逐渐减少，耕种的田地越来越多了。
攻拔取棘阳，与王莽前队大夫甄阜、属正梁丘赐战于小长安，汉军大败，退守棘阳。
更始元年(23)正月初一，汉军又与甄阜、梁丘赐战于氵比水西，大破之，杀掉了甄阜、梁丘赐。伯升在氵育阳又打败王莽纳言将军严尤、秩宗将军陈茂，进而围攻宛城。
二月初一，拥立刘玄为天子，刘玄任命伯升为大司徒，光武为太常偏将军。
三月，光武另与诸将攻打昆阳、定陵、郾，都攻下了。得牛马财物很多，谷数十万斛，转运供给宛城下部队。王莽得知甄阜、梁丘赐被杀，汉帝已立，十分恐惧，于是派大司徒王寻、大司空王邑领兵百万，其中披甲将士四十二万。
五月，到达颍川，又与严尤、陈茂部队汇合。起初，光武曾为舂陵侯佃户欠租投诉于严尤，严尤见光武奇相而惊异。
到这时，城中投降严尤的人说光武不要财物，只收集兵马出谋定策。严尤笑着说“：就是那个须眉浓美的汉子吗？他怎么竟干这种事呢！”初始，王莽征集天下能懂兵法的六十三家共数百人，并任为军吏；挑选训练警卫，招募猛士，旌旗辎重，千里不绝。当时有个巨人叫巨无霸，身高一丈，腰粗十围，被任命为军垒尉官；驱使猛兽虎豹犀象，以助军威。出师的盛况，为秦汉以来所没有过的。光武统兵数千，在阳关拦截王莽军。诸将见王寻、王邑军队强大，掉头逃跑，奔回昆阳，都很害怕，担心妻室儿女，想分散返回各自的城邑。光武提议说：“现在我们兵力和粮草都少，而外寇强大，合力抵抗，功绩或许可以建立；如果分散开来，势必都不能保全。而且宛城没有攻下，那边的部队不能救助我们，昆阳一旦攻破，一天之内，我们所有各部都将被消灭掉。现在我们不同心合力共举功名，反而想守住妻子儿女和财物吗？”诸将领愤怒地说“：刘将军何以竟然说这种话！”光武含笑起立。这时恰好了望敌人的骑兵回来，说大量的敌人将到城北，军马队列数百里，看不到队尾。诸将连忙相互说道“：还是请刘将军出主意对付。”光武又为大家谋划成败策略。诸将领忧愁窘迫，都说：“就照这样办！”这时，城中只有八九千人，光武便叫成国上公王凤、廷尉大将军王常守城，自己与骠骑大将军宗佻、五威将军李轶等十三人骑马夜出城南门，在外面组织兵力。
这时王莽军队已有近十万到了城下，光武差点儿走不出城。到了郾、定陵，将各兵营军队悉数调发，而诸将贪惜财货想分兵留守。光武说“：现在假如打败了敌人，珍宝万倍，大功可成；假如被敌人打败，我们的头颅也保不住，哪还有什么财物呢？”大家才依从了光武的意见。严尤劝王邑说：“昆阳城小而坚固，现僭称帝王的刘玄在宛城，我们快速派遣大军攻击，他们必定逃跑；宛城兵败，昆阳自然归服。”王邑说“：过去我以虎牙将军身份围攻翟义，因不曾活捉他而受到责备。
现在率百万大军，碰上城池不能拿下来，怎么说得过去呢？”于是将昆阳包围几十重，扎营数百个，立起云车，高十余丈，俯视城中，旗帜遍野，尘埃满天，金鼓之声闻数百里。有的部队挖掘地道，有的部队用木童车楼车攻城。弓弩乱发，箭下如雨，城中人背着门板才能打水。王凤等求降，未得允许。王寻王邑自以为成功在顷刻之间，意气闲逸自得，夜有流星坠落兵营，白天有云团，如崩塌的山般当营陨落，离地不到一尺才散，军吏士卒都趴伏在地上。
六月初一，光武便与军队一同前进，自率骑兵步兵千余，在王莽大军前四五里布阵，王寻、王邑也发兵数千交战。光武冲杀敌军，斩首数十。众部下高兴地说“：刘将军平生见小敌胆怯，今见大敌勇敢，很是奇怪，而且又到前面去了。我们应协助刘将军！”光武向敌人冲去，王邑、王寻部队退却，部众乘胜进击，斩敌成百上千。连连得胜，于是向前推进。这时，伯升已攻克宛城三日，而光武还不知道，便派人假装成宛城下部队使者，带书报告城中，说“宛城下援军开到”却假意不小心将书信遗失。王寻、王邑得信，心中不快。诸将已经几次告捷，胆气更壮，无不以一当百。光武便与敢死队三千人，从城西水上冲敌中坚，王寻、王邑军阵紊乱，光武乘锐气摧垮敌阵，杀了王寻。昆阳城中也击鼓呐喊冲杀而出，内外合击，声震天地，莽军大败，奔逃的兵士互相践踏，死伤者遍布百余里。天空恰巧大雷狂风，屋瓦都刮飞了。大雨倾盆，氵蚩川河水暴涨，虎豹都吓得四腿直抖，士卒争先渡河，溺死的以万数，河水为之不流，王邑、严尤、陈茂轻装骑马，踏着死人渡河逃走，光武尽得莽军粮草器械，战车、盔甲、珍宝不计其数，几个月运不完，只好将剩下的烧掉了事。光武乘势又攻下颍阳。适逢伯升被更始所害，光武从父城奔往宛城谢过。司徒官属迎接慰问光武，光武难以与他们背地里交谈，深为引过而已。不曾以伐昆阳居功，又不敢为伯升服丧，饮食言笑如平常一样。更始因此内心惭愧，拜光武为破虏大将军，封武信侯。
九月初三，三辅豪杰合力杀了王莽，并将他头颅送到宛城。更始打算北上，建都洛阳，便让光武代理司隶校尉，要他前往整理修缮宫殿官府。光武于是设置下属官吏，起草公文，以从事史察举非法，一切照汉代旧有制度办事。这时三辅官员东迎更始，见诸将走过，都戴平民头巾，穿女人衣服，大掖衣加上绣花的半臂衣，没有不笑话他们的。有的还因为他们所服“不祥”而畏惧患祸逃开。及至见到光武的僚属，都不胜欣喜。年老的官员有的掉泪说：“想不到今天又见到了汉家官员威严的仪表啊！”从此有见识的人都归心于光武了。及至更始到了洛阳，便任光武为破虏将军代行大司马的职务。
十月，光武拿着符节渡黄河北上，安定抚慰州郡官民。所到郡县，就会见郡守、长吏、三老、官属，下至佐史，考察升降事宜，好像州牧巡视郡国办事一样。平反错案，遣放囚犯，除掉王莽时的苛政，恢复汉室官名，官民喜悦，争以牛酒迎接慰劳。进至邯郸，已故赵缪王子刘林向光武献策说：“赤眉军现在河东，只要决开黄河淹灌他们，赤眉百万军队可成为鱼。”光武不答，而去真定。刘林就伪称占卜的王郎是成帝的儿子刘子舆，十二月，立王郎为天子，定都邯郸，并派遣使者招降下属郡国。
更始二年(24)正月，光武因为王郎新起势盛，便北上巡视蓟地。王郎发布檄文，许诺捕杀到光武的封以十万户的爵位。而已故广阳王刘嘉的儿子刘接，起兵蓟中以策应王郎，蓟城城内扰乱，人民相继惊恐起来，并传说邯郸派来的使者刚到，二千石以下的官员都出去欢迎。于是光武急忙驾车南奔，，早晨夜晚都不敢进城，就在道旁食宿。到达饶阳，官属都没有吃的了。光武就自称是邯郸派来的使者，进入客栈。客栈的小吏正在用餐，光武随从饥饿得很，便抢饭吃。客栈的小吏怀疑光武是假冒，便击鼓数十通，谎称邯郸将军到，官属都吓得变了脸色。光武上车想要奔逃，但转念怕跑不了，便从容坐到原位，说：“请邯郸将军进来！”许久，才驾车离去。客栈的人远远地叫守门者不放行。守门的官长说“：天下大局岂可预知？能阻拦长者吗？”光武才得南行。日夜兼程，蒙霜冒雪，时正天寒，脸面都冻裂了。到了呼沱河，没有船，恰值河面封冻，得踏冰而过，队伍未过完，几辆车竟陷入水里。到达下博城西，。。徨困惑，不知往哪里走为好。有白衣老头在道旁说：赶快走，信都郡的人还在为长安政权坚守着，那儿离这里八十里。”光武马上赶去，太守任光开门迎接。光武便征发周围各县兵马，共得四千人，首先攻打堂阳、贳县，两地都投降了光武。王莽和成卒正邳彤也领全郡投降。又有昌城人刘植、宋子人耿纯带领宗亲子弟，占领各自所在县城，奉献给光武，于是往北攻下曲阳，部众渐渐地集聚起来，乐意依附光武的达到数万人。光武又北击中山，克卢奴，所到之处，征发“奔命兵”发送檄文到边境各部，要他们一同攻打邯郸，各郡县回书响应。南向攻克新市、真定、元氏、防子，于是进入赵地境界。这时王郎大将李育驻兵柏人，汉军不知道，向前推进，前军偏将朱浮、邓禹被李育打败，丢失辎重。光武在后面闻悉，收集朱浮、邓禹所散失的兵卒，与李育战于柏人城门，大败李育军，全部夺回李育从朱浮、邓禹部队抢获的辎重。李育退回保守城池，光武攻城不下，于是引兵占领广阿。正好上谷太守耿况、渔阳太守彭宠，各派自己的将领吴汉、寇恂等率领突骑帮助攻打王郎，更始也派尚书仆射谢躬讨伐王郎，光武乘机大设酒宴慰劳将士，东进包围巨鹿。王郎守将王饶坚守，一个多月没攻下。王郎派将领倪宏、刘奉领数万人援救巨鹿，光武迎战于南栾，杀数千人。
四月，光武进军围攻邯郸，连战连捷。
五月初一，攻克邯郸，杀王郎。在缴获的文书中，光武发现部下官员和王郎勾结来往毁谤自己的书信有几千份。光武不看，召集将军们当面一把火烧掉，说：“让那些睡不着觉的人安下心来吧！”更始派侍御史拿着符节封光武为萧王，教他完全停止军事行动到更始所在的地方去。光武托辞黄河以北还没有平定，不接受征召。从此，他和更始就不是一条心了。这时长安政治混乱，到处反叛更始。梁王刘永在睢阳专权，公孙述在巴蜀称王，李宪自立为淮南王，秦丰自号楚黎王，张步起兵琅笽，董宪起兵东海，延岑起兵汉中，田戎起兵夷陵，都设置将帅，攻打掠取各郡县。又有各种名号的队伍如铜马、大肜、高湖、重连、铁胫、大抢、尤来、上江、青犊、五校、檀乡、五幡、五楼、富平、获索等，各自统领部下，总数合计有数百万人，到处抢掠。光武打算进行扫荡，派吴汉首先征调北方十郡兵马。幽州牧苗曾不服从，吴汉就杀了苗曾，征调他的部下。秋天，光武攻击铜马于枭阝，吴汉率突骑与光武会合于清阳。铜马军屡屡挑战，光武加固营垒自守；铜马军有出去掳掠的，就把他们收拾，断绝他们的粮道。
一个多月后，铜马军粮食吃完，只得夜里逃去，光武追到馆陶，把他们打得大败。受降还没有完，高湖、重连两支部队从东南方来，与铜马残部会合，光武又与他们大战于蒲阳，把他们全部打败迫降，封投降的头目为列侯。投降的部队头领还不放心，光武理解他们的心理，便命令他们归营统率约束部队。自己轻骑简从到各部巡视。投降的相互议论说“：萧王这样推心置腹待人，我们能不以死相报吗？”于是都真心归附。光武将全部投降的兵力分配给诸将领，扩大到数十万军队。所以关西人称光武为“铜马帝”赤眉军别部将领与大肜、青犊军十多万人盘踞射犬，光武进攻，大败敌军，部众都逃散了。光武又派吴汉、岑彭偷袭邺城，杀了谢躬。青犊、赤眉军进入函谷关，进攻更始。光武便派邓禹率六裨将发兵向西，以便趁更始和赤眉纷乱之机获益。这时更始派大司马朱鲔、舞阴王李轶等驻守洛阳，光武也派冯异驻守孟津相抗拒。
建武元年(25)春正月，平陵人方望立前汉孺子刘婴为天子，更始派丞相李松击之，把刘婴杀了。光武向北击尤来、大抢、五幡于元氏，追至右北平，连连告捷。又战于顺水北，乘胜轻易进军，反为所败。贼兵追得紧，短兵相接，光武跳到高岸上，碰着突骑王丰，王丰下马将马让给光武，光武按着王丰的肩膀上马，回头笑对耿。。说：“差点儿让强盗们讥笑了！”耿。。连连射击把敌人打退，才免除遭难。士卒死了数千人，余部退守范阳。部队见不到光武，有人说光武已死，诸将领不知该怎么办。吴汉说：“各位要勉力干，萧王哥哥的儿子在南阳，何必担忧无主呢！”大家惶恐害怕，好几天才安定。贼虽打了胜仗，而素来惧怕光武声威，彼此形势不了解，夜里就带兵走了。光武又进军到安次，与敌交战，打败敌军，斩三千余人。敌军退入渔阳，光武便派吴汉统领耿。。、陈俊、马武等十二将军追击于潞城之东，追至平谷，消灭了尤来等部。朱鲔派讨难将军苏茂攻温城，冯异、寇恂迎战，大败苏茂军，杀了苏茂的大将贾强。这时众将领议论拥光武为帝。马武首先进言说：“天下无主，如果有圣人趁衰败的局面兴起，即使孔子为相，孙武为将，还要担心不能有所补益。泼出了的水是收不回的，机会失去，后悔无及。大王虽执意谦让，怎么对得起汉家的祖宗和天下呢？应当暂时回到蓟城登皇帝位，然后才议定征伐的事宜。现在谁是贼人，我们驰骋战斗去攻击他呢？”光武惊异地说“：将军怎么说这样的话？该杀头的呀！”马武说“：所有的将领都是这种看法呢！”光武使马武晓谕其他各将领，便率领部队回蓟城。
夏四月，公孙述自称天子。光武从蓟城返回，过范阳，派人收殓埋葬阵亡将士。到达中山，诸将又奏请光武说“：汉室遭王莽篡位，统治中断，豪杰愤怒，亿万百姓遭到践踏。大王与伯升首先起义，更始却凭宗室资格占据帝位，而不能继承大业，纲纪败坏，盗贼日益增多，老百姓遭殃。大王初战昆阳，王莽溃败；后克邯郸，北方州郡得以平定；三分天下有其二，跨州据土，甲兵百万，论武力没有谁敢抗拒您，讲文德则更没有话说。臣等听说帝位不可以久久空着，天命不能谦让拒绝，希望大王为国家着想，为天下百姓着想。”光武又没有听从。进军到南平棘，诸将领又坚决请光武称帝，光武说：“寇贼没有剿灭，四面受敌，何必匆匆称帝呢？将军们请出去吧！”耿纯却进一步说“：天下士大夫抛弃亲属背井离乡，跟着大王冲杀在刀箭之间，他们的打算本来就是希望攀龙附凤，来实现自己的志向罢了。现在功业即将告成，天象人事相应，而大王拖延时间，违背众人心意，不登帝位，我担心士大夫们绝望，打算落空，就产生离去的思想，认为不必久留而自讨苦吃，大众一散，很难再聚。时机不可延误，群众的意愿不可违背啊！”耿纯的话十分恳切，光武深为感动，便说：“我将考虑考虑。”行军到。。县，光武以前在长安学习时同住一室的强华从关中拿来赤伏符，其中说：“刘秀发兵收拾无道的人，四方各族云集，像群龙搏斗于野，(高祖以来)二百二十八年之际，火德为主。”群臣乘机又进言说：“接受天命符瑞，以应顺人事为大，现在万里以外的符命，与事物正相切合，不约而同，即便是周武王的白鱼之应，又怎能和这相比呢？现在上面没有皇帝，海内混乱，符瑞的应验，明明白白，应回报天上神明，以满足大家的愿望。”光武于是命令官吏在镐城南面千秋亭五成陌，设建祭天的坛场。
六月二十二，光武登皇帝位。烧柴祭天，祀水火雷风山泽六宗，望祭山林川谷诸神。祝文说“：皇天上帝，后土神祗，关怀人间，降卜符命，把平民百姓托付刘秀，为民父母，我刘秀实不敢当。而部属百官，不约而同，都说：‘王莽篡夺帝位，刘秀发愤起兵，破王寻、王邑于昆阳；诛王郎、铜马于河北，平定天下，海内蒙恩。上符天地之心，下为百姓归心拥戴。”谶记说‘：刘秀发兵捉拿无道的人，卯金修德刘氏为天子。’我还是坚决推辞，一辞再辞，以至三次推辞。部属都说：‘皇天的大命，不可稽延。’刘秀怎么敢不敬奉天命。”于是立年号为建武，大赦天下，改高阝县为高邑。同月，赤眉立刘盆子为天子。
二十七日，前将军邓禹在安邑进攻更始定国公王匡，大破王匡军，杀掉他的将领刘均。秋七月初五，拜前将军邓禹为大司徒。
十一日，任命野王令王梁为大司空。
十六日，任命大将军吴汉为大司马，偏将军景丹为骠骑大将军，大将军耿。。为建威大将军，偏将军盖延为虎牙大将军，偏将军朱佑为建义大将军，中坚将军杜茂为大将军。这时，皇室亲族刘茂自称“厌新将军”率部投降，封为中山王。
八月初三，光武到怀县，派耿。。率强弩将军陈俊驻扎五社津，戒备荥阳以东。派吴汉率朱佑及廷尉岑彭、执金吾贾复、扬化将军坚镡等十一将军在洛阳围攻朱鲔。
八月十六，祭社稷。
八月十七，在怀宫祭祀高祖、太宗、世宗。光武行进到河阳，更始廪丘王田立投降。
九月，赤眉军入长安，更始逃奔高陵。初六，光武下诏令说：“更始破败，放弃城池逃跑，妻室儿女赤身露体，流散道路，我很怜悯他们。现封更始为淮阴王，官吏平民有敢杀害他的，以大逆罪论处。”十九日，任平帝时高密令卓茂为太傅。
二十六日，朱鲔率洛阳全城人马投降。冬十月十八日，光武进入洛阳，临幸南宫却非殿，于是定都洛阳。派岑彭打击荆州群贼。
十一月三十日，光武到怀县。刘永自称天子。
十二月丙戌，光武从怀县回洛阳。赤眉军杀更始。隗嚣占据陇右，卢芳在安定起兵，破虏大将军叔寿在曲梁进攻五校贼，叔寿战死。
二年(26)春正月初一，日蚀。大司马吴汉率九位将军在邺东进攻檀乡寇贼，大败檀乡贼军，迫使他们投降。十七日，把功臣都分封为列侯，大的封国四县，其余多少不一。诏令说：“人的欲望满足以后，最怕的是放荡不羁，只求一时的快乐，忘却慎于刑罚的道理。想到各位将军功业远大，的确想代代相传，应当像站临深潭边、在薄冰上行走一样，战战兢兢，一天比一天更谨慎。有些有显著功绩，没有得到报酬，名未扬、官未封的人，大鸿胪赶快报上，我将分别录用。”博士丁恭提议说“：古代帝王封诸侯地不过百里，以‘利建侯’、‘雷震百里’为准则，中央强大，地方弱小，这是用来治理国家的方法。现在封诸侯大到四县，不合法制。”光武帝说：“古代国家的灭亡，都是由于国君无道，没有听说过功臣封地大而遭灭亡的。”于是派谒者马上授予列侯印绶，策书上说：“在上面不骄傲，虽高也不危险；节制谨守法度，虽满也不漫出。敬肃戒慎，传给你们子孙后代，永远做汉家的藩属。”十九日，更始复汉将军邓晔、辅汉将军于匡投降，都恢复了他们原来的爵位。壬子，修高帝庙堂，建社稷坛于洛阳，立郊兆坛于城南，开始明确汉主火德，崇尚赤色。同月，赤眉烧长安宫室，挖掘帝王园陵，寇掠关中。大司徒邓禹进长安，派府掾捧着十一帝的神主，供于高庙。真定王刘扬、临邑侯刘让谋反，光武派前将军耿纯把他们杀掉。
二月十六日，光武到修武。大司空王梁免职。十九日，任太中大夫宋弘为大司空。派骠骑大将军景丹率征虏将军祭遵等二将军攻打弘农寇贼，把他们打败，趁势又派祭遵围攻蛮中寇贼张满。渔阳太守彭宠反叛，在蓟城攻打幽州牧朱浮。
延岑在汉中自称武安王。辛卯，光武自修武回洛阳。三月乙未，大赦天下，诏令说“：近来狱中多有冤屈的人，用刑残酷，我很哀怜他们。孔子说：‘刑罚不得当，老百姓就不知怎样才好。’应当和中二千石、诸大夫、博士、议郎共同讨论省免刑罚的事。”派执金吾贾复率二将军攻打更始郾王尹遵，打败他，迫他投降。骁骑将军刘植攻打密地寇贼，战死。派虎牙大将军盖延率四将军讨伐刘永。
夏四月，在睢阳围攻他。更始将苏茂杀淮阳太守潘蹇，依附刘永。四月初二，封叔父刘良为广阳王，兄子刘章为太原王，刘章弟刘兴为鲁王，舂陵侯嫡子刘祉为城阳王。
五月十九日，封更始元氏王歙为泗水王，故真定王刘杨子刘得为真定王，周朝后代姬常为周承休公。二十二日，诏令说：“老百姓有不得已出嫁的妻子、卖掉的儿女，想要回归丈夫、父母身旁的，都要听任他们的意愿，谁敢拘禁逮捕他们，依法论处。”六月初七，封贵人郭氏为皇后，子刘强为皇太子，大赦天下。增加郎官、谒者、从官俸禄各一等。十五日，封宗族子刘终为淄川王。
秋八月，光武帝亲自统兵讨伐五校，二十六日，帝到内黄，在戏阳大败五校军，使之投降。派游击将军邓隆援救朱浮，与彭宠战于潞城，邓隆军队吃了大败仗。盖延攻克睢阳，刘永逃奔谯城。破虏将军邓奉占据氵育阳反叛。
九月初二，光武帝从内黄回洛阳。骠骑大将军景丹去世。延岑在杜陵大败赤眉军。关中饥荒，发生了人吃人的现象。
冬十一月，任廷尉岑彭为征南大将军，率八将军在堵乡讨伐邓奉。铜马、青犊、尤来残部在上郡共立孙登为天子。孙登将领乐玄杀孙登，率领部众五万余人投降。派偏将军冯异代理邓禹讨伐赤眉。派太中大夫伏隆拿着符节安抚青、徐二州，招降了张步。十二月三十日，诏令说：“想到宗室列侯被王莽所废，先人神灵无所归宿，我非常哀怜他们，一并恢复他们的封国。若列侯本人已去世，由列侯子孙所属的郡县记录列侯子孙的现名上交尚书，封爵授官。”这年，盖延等在沛西大败刘永。以前，王莽末年，国家旱灾蝗灾，五斗粟要卖一斤黄金，到现在野生的谷子不播而长，麻、豆长得尤其茂盛，野蚕结茧，散布在山岗上，人们便去收取其利。
三年(27)春正月初六，任偏将军冯异为征西大将军，杜茂为骠骑大将军。大司徒邓禹及冯异与赤眉军在回溪交战，邓禹、冯异大败。征虏将军祭遵打败蛮中寇贼，杀张满。二十三日，立亡父南顿君上四庙。二十四日，大赦天下。
闰月初一，大司徒邓禹免职。冯异与赤眉军在崤底交战，将赤眉军打得大败，残部南逃宜阳，光武亲自领兵征伐。己亥，光武帝到宜阳。甲辰，帝亲统六军，大摆兵阵，大司马吴汉的精锐排列在前面，中军排列第二，骁骑、武卫分列左右。赤眉军望而生畏，派人求降。丙午，赤眉君臣反绑双手，奉献高祖刘邦传下的玺绶投降，诏令城门校尉办理受降事宜。戊申，光武从宜阳回洛阳。己酉，诏令说：“群盗横冲直闯，残害人民，刘盆子窃取皇帝尊号，惑乱天下。我领兵奋起讨伐，顷刻土崩瓦解，十多万部众束手降附，先帝玺绶归还王府。这都是靠祖宗的威灵，将士的力量，我怎能够格享此殊荣呢！应选择吉日祷告高庙，赏给天下应当继承父后的长子爵位，每人一级。”二月初一，祭祠高庙，光武接受传国玺。刘永妄封董宪为海西王，张步为齐王。张步杀光禄大夫伏隆反叛。光武帝到怀县，派吴汉率二将军在轵西进攻青犊，大败青犊军，使之降服。
三月十六日，任大司徒司直伏湛为大司徒。彭宠占领蓟城，并自立为燕王。光武亲自统兵征讨邓奉，到达堵阳。
夏四月，在小长安大败邓奉，并杀了他。冯异与延岑战于上林，把延岑打败。吴汉率领七将军与刘永将苏茂战于广乐，大败苏茂。虎牙大将军盖延在睢阳包围了刘永。
五月二十四日，光武帝回洛阳。三十日，晦，日蚀。
六月初七，大赦天下。耿。。与延岑在穰县交战，大败延岑。
秋七月，征南大将军岑彭率领三将军讨伐秦丰，战于黎丘，大败秦丰，活捉了他的将领蔡宏。二十六日，光武帝诏令说：“俸禄不满六百石的县令，下至县长，侯国之相有罪，都先请示再处治。男子八十以上，十岁以下，及妇女因亲属犯罪连坐的，只要不是犯有‘不道’罪，诏书点名逮捕的，都不得扣押。应当对证的马上对证，女子判刑，可让她出钱雇人伐木抵罪，放回家。”盖延攻克睢阳，捉了刘永，但苏茂、周建又立刘永子刘纡为梁王。
冬十月十九日，光武帝到舂陵。告祀园寝宗庙，在旧宅设置酒宴，款待众多故旧与父老乡亲。
十一月已末，自舂陵回洛阳。涿郡太守张丰反叛。这年，李宪自称天子。西州大将军隗嚣呈上奏书。建义大将军朱。。率领祭遵与延岑战于东阳，杀延岑将张成。
四年(28)春正月初二，大赦天下。二月初一，光武帝到怀县。二十一日，从怀县回洛阳。派右将军邓禹率领二将军与延岑战于武当，打败了延岑。
夏四月初七，光武帝到达邺城。十九日，行进到临平。派大司马吴汉在箕山攻击五校贼，贼大败。五月，光武帝行进到元氏，初二，又行进到卢奴。派征虏将军祭遵率领四将军在涿郡讨伐张丰，杀掉了张丰。
六月初二，光武帝返回洛阳。
七月十四日，光武帝至谯县。派捕虏将军马武、偏将军王霸在垂惠围攻刘纡。董宪将领贲休率兰陵城兵马投降光武，董宪围攻贲休。虎牙大将军盖延率领平狄将军庞萌援救贲休，没有成功，兰陵为董宪所攻陷。
秋八月初十，光武帝到寿春。太中大夫徐恽擅自杀临淮太守刘度，徐恽因此犯法被诛。派扬武将军马成率领三将军讨伐李宪。
九月，在舒县包围了李宪。
冬十月初七，光武帝回到洛阳。太傅卓茂去世。十一月十九日，光武帝到宛城，派建义大将军朱。。率领二将军在黎丘围攻秦丰。十二月二十日，光武帝到黎丘。这年，征西大将军冯异与公孙述将领程焉在陈仓战斗，打败程焉。
五年(29)春正月十七日，光武帝还洛阳。二月初一，大赦天下。捕虏将军马武、偏将军王霸攻克垂惠。二十日，光武帝到魏郡。二十七日，封殷商后代孔安为殷绍嘉公。彭宠被奴仆所杀，渔阳平定。大司马吴汉率领建威大将军耿。。在平原攻击富平、获索贼，大败贼军，迫使其投降。又派耿。。率领二将军讨伐张步。三月初八，调广阳王刘良为赵王，刘良始进入封国。平狄将军庞萌反叛，杀楚郡太守孙萌而东附董宪。派征南大将军岑彭率领二将军在津乡讨伐田戎，大败田戎。
夏四月，天旱，蝗灾。河西大将军窦融开始派人进贡。五月初二，光武帝下诏令说：“久旱，麦子受害，秋播没有下种，我十分担忧。莫非是残酷的官吏不称职，狱多冤案，老百姓愁苦怨恨，触怒了天神吗？现命令中都官、三辅、郡国放出在押囚犯，除了非处死不可者外一律免除查办，徒刑免为平民。务必进用温良的人，罢免贪婪残酷的人，各部门整顿好自己的职事。”六月，建义大将军朱。。攻克黎丘，活捉秦丰；庞萌、苏茂围攻桃城。这时，光武帝刚好到了蒙县，于是亲自领兵征伐庞萌、苏茂。先在任城整顿军队，然后救援桃城，大败庞萌等。
秋七月初四，光武帝到沛县，告祭高帝庙。诏令修复长安的帝王陵墓。行进到湖陵，征讨董宪，又到蕃县，在昌虑攻打董宪，获大胜。
八月初六，光武帝行进到郯县，留下吴汉攻打刘纡、董宪等。光武帝转而巡视彭城、下邳。吴汉攻下郯县，捉到刘纡；吴汉又进军在朐县围攻董宪、庞萌。冬十月，光武帝还洛阳途中，经过鲁地。派大司空祭祀孔子。耿。。等在临淄和张步战斗，大败张步。光武帝到临淄，行进到剧县。张步杀苏茂投降，齐地平定。开始设立太学。光武帝回到洛阳，巡视太学，分别赏赐博士弟子。
十一月初一，大司徒伏湛免职，任尚书令侯霸为大司徒。
十二月，卢芳在九原自称天子。西州大将军隗嚣派遣儿子隗恂入宫侍卫光武帝。交阝止牧邓让率领七郡太守派人进京进贡。诏令免除济阳县二年的徭役。这年，野生的谷物逐渐减少，耕种的田地越来越多了。